《诡门十三针》影片讲述了在一个时局动乱,军阀割据的年代,百姓民不聊生,坊间谣传诡门十三针是一种神奇的针法,能够治疗各种疑难杂症,主人公赤瞳从小就是孤儿,父母就是被阴病所害,在与苏哮天结识之后,踏上了用诡门十三针治疗阴病的旅程,经历了一番艰难的斗争之后,苏哮天在与阴病的战斗中,不幸离世,赤瞳继承了苏哮天的意志,踏上了铲除阴病的路途……