《黑蔷薇2》在警务课工作的女警神木(贯地谷饰),一次偶然机会被派去有独居老人尸体的现场。虽然验尸官检查后以病死处理,但神木怀疑是他杀并不认同这个验尸结果。另一边,和神木在同一辖区警署的刑事课主任折原(岸谷饰)也遇到了类似的案件。二人再次合作,在找出各个案件的共同点的同时,逐步深入挖掘出警察内部的黑暗面。